سید مجتبی فرزند دوم خامنه ای و متولد سال 1348 است. برادر بزرگتر وی مصطفی، دو برادر کوچکترش محسن و میثم نام داشته و دو خواهرش نیز بشری و هدی نام دارند. برادران او به غیر از میثم معمم هستند.
سید مصطفی خامنه ای داماد آیت الله عزیز خوشوقت از روحانیون حامی احمدی نژاد است که نامش به عنوان یکی از صادرکنندگان فتوا برای قتل روشنفکران و مخالفان سیاسی در دهه ی 70 سرزبان ها افتاد. محسن خامنه ای داماد آیت الله خرازی است. همسر او خواهر صادق خرازی یکی از نزدیکان خاتمی و گرداننده ی لابی رژیم در خارج از کشور است.
